Bea Cukai Jayapura juga aktif dalam melaksanakan sosialisasi dan mengikuti program bebas korupsi.
Pembenahan di Bea Cukai Jayapura dilakukan secara kontinyu dan membuahkan hasil dengan berhasil merai predikat Wilayah Bebas Korupsi (WBK) dari Kemenpan-RB pada tahun 2020.***